2001年に設立された東京を拠点とする独立系シンクタンク「言論NPO」の創設者兼代表を務める。日本の民主主義の強化を使命とし、行政の政策評価や政党の公約評価などの政策研究を実施するとともに、その成果を広く社会に発信し、日本政府や国際社会への提言を行っている。現在、500名を超える国内のオピニオンリーダーや有識者が同団体のネットワークに参加し、日本が直面する喫緊の課題やアジア・世界の政策課題について議論と取り組みを推進している。

工藤氏は、言論NPOの活動の一環としてトラック1.5対話や国際会議を主導してきた。2005年には日中間の「東京-北京フォーラム」、2013年には日韓間の「日韓未来対話」を立ち上げ、これらはいずれも外交が停滞する局面においても継続され、東アジアにおける有力な民間対話プラットフォームとして高く評価されている。

さらに、地域の平和秩序の構築を目指し、これらの取り組みや米国専門家とのトラック2対話を基盤として、日米中韓を巻き込んだ新たな多国間プラットフォームの形成にも取り組んでいる。2016年には、インドネシア、インド、シンガポール、マレーシア、フィリピンなどアジア各国の民主主義の課題を議論する「アジア言論人会議」を開始した。

また、国際秩序およびグローバル・ガバナンスの分野でも積極的に活動をしている。2012年からは、米外交問題評議会が主導する国際シンクタンク・ネットワーク「カウンシル・オブ・カウンシルズ」の日本代表を務める。さらに2016年には、主要シンクタンクの代表とともに「東京会議」を設立し、自由で開かれた国際秩序、多国間主義、民主主義に関する提言を、毎年G7に先駆けて議長国に提出している。

言論NPO創設以前は、月刊誌『金融ビジネス』および政策総合誌『The ORIENTAL ECONOMIST』の編集長を歴任した。